Фамилия Ворожун звучит настолько выразительно, что сразу наталкивает на мысль о колдовстве. И это не случайно. В основе фамилии лежит древнерусский глагол «ворожити» — колдовать, гадать, заговаривать. Ворожуном в народе называли знахаря, колдуна, человека, который «ворожит». Фамилия образована напрямую от этого прозвища с помощью характерного суффикса -ун, который в русском языке часто указывает на деятеля, склонного к какому-либо действию (ср. «говорун», «бегун», «крикун»). Таким образом, Ворожун — это не просто «сын Ворожея», а сам носитель прозвища, что делает фамилию довольно редкой по словообразовательной модели.

В отличие от массовых фамилий на -ов или -ин, которые обозначали принадлежность («чей сын?»), фамилия Ворожун застыла в форме прозвища. Это говорит о том, что она могла закрепиться в среде, где фамилии только начинали формироваться, и человека записали просто по его занятию или характерной черте. Наиболее вероятно, что предок-Ворожун был не столько «злым» колдуном из сказок, сколько сельским знахарем, костоправом или повитухой, к которому ходили за помощью и советом. В крестьянском быту к таким людям относились с уважением и опаской, а их прозвище легко становилось наследственным.

С географической точки зрения фамилия, вероятнее всего, имеет южнорусские или украинские корни. Именно в этих говорах слово «ворожун» (или «ворожбит») было особенно распространено, а суффикс -ун встречается чаще, чем в северных диалектах. Встречается она и в Беларуси. Сравните с однокоренными фамилиями: Ворожцов (от «ворожец» с уменьшительным суффиксом), Ворожейкин, Ворожбит. Все они ведут в одну смысловую точку — к человеку, практикующему народную магию.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Ворожу́н. В разговорной речи иногда смещают ударение на второй слог (Воро́жун), но это искажает звучание исходного слова. Какой бы ни была история конкретной семьи, фамилия Ворожун — редкий и яркий пример того, как профессия или прозвище, уходящее корнями в дохристианские верования, превратилось в фамильное имя. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение.