Фамилия Вощинкин образована по одной из самых распространённых моделей русского именования: от основы через суффикс -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Вощинкин — буквально «сын (или потомок) Вощинки». Сама основа — прозвище или нецерковное имя Вощинка. В русских говорах «вощинка» — уменьшительное от «вощина», то есть пчелиный воск. Прозвище Вощинка могли дать пчеловоду, торговцу воском или человеку, который занимался выделкой восковых свечей — ремеслу, особенно востребованному в церковном обиходе.

Слово «воск» и его производные легли в основу нескольких фамилий: Восков, Воскобойников, Вощин. Вощинкин стоит в этом ряду особняком благодаря суффиксу -к-, который в прозвищах часто придавал уменьшительный или пренебрежительный оттенок. Впрочем, в XVI–XVII веках такие формы на -ка могли быть вполне нейтральными: Вощинка — человек, имеющий дело с вощиной, без дополнительной окраски.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где было развито бортничество и пчеловодство. В документах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с основой «Вощин» или «Вощинка» в архангельских, вятских и костромских землях. Массовое закрепление фамилии в форме Вощинкин произошло, скорее всего, в XIX веке, когда фамилии окончательно закрепились за крестьянскими родами.

Двойная фамилия — Вощинкин — не редкость для русского ономастикона, но встречается значительно реже, чем простые Вощин или Вощинков. Это делает её ценной для генеалогического поиска: носители фамилии, как правило, происходят из одного или нескольких близких родов, а не из тысяч случайных однофамильцев.