Фамилия Воувода — один из тех редких случаев, когда написание напрямую указывает на древнее произношение. Перед нами не опечатка и не искажение, а фонетическая запись слова «воевода», где первая гласная «о» в безударной позиции редуцировалась до «а», а «е» перешла в «у» под влиянием акающих говоров. В современном русском литературном языке мы пишем «воевода», но в северных и центральных диалектах, особенно в новгородских и псковских землях, это слово звучало как «воувода» или «ваувода». Фамилия закрепила именно такой — местный, разговорный — вариант.

Основа фамилии — прозвище Воувода, то есть воевода, военачальник, правитель. В Древней Руси воеводами называли и командующих войском, и наместников князя в городах. Прозвище мог получить человек, который служил воеводой, но не обязательно — так могли назвать и того, кто вёл себя властно, командовал в быту, или просто рослого, крепкого мужчину, похожего на предводителя. Суффикс -а в основе указывает на мужское прозвище, а фамилия образована по простейшей модели: прозвище Воувода → «чей сын?» → Воувода без дополнительных суффиксов. Это так называемая «нулевая» фамилия, характерная для украинской и белорусской традиции, но встречающаяся и в русском юго-западе.

Редкость написания с «у» после «в» делает фамилию Воувода особенно ценной для историков языка. Обычно такие фамилии, как Воеводин, Воеводский, Воевода, распространены шире, а форма Воувода — локальный диалектный вариант, сохранившийся в единичных родах. Встретить её можно преимущественно в областях, граничащих с Беларусью и Украиной, а также в старообрядческих семьях, где письменная традиция консервативнее.

С точки зрения словообразования, фамилия Воувода стоит особняком: она не склоняется по падежам в мужском роде (как и Воевода), что для русских фамилий редкость. Это дополнительно подчёркивает её древнее, прозвищное происхождение — когда фамилия ещё не «застыла» в стандартной форме на -ов или -ин.