Фамилия Вовака — редкая, и её разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание -ака (или -яка) в русских фамилиях встречается редко, но оно характерно для прозвищно-именной модели: такие прозвища образовывали от личных имён или диалектных слов путём прибавления экспрессивного суффикса -ак/-як, а затем к ним добавляли -а для создания фамильной формы. В случае с Вовака основа — «Вова», уменьшительная форма имени Владимир. Имя Владимир в народной среде давало множество производных: Вова, Вовка, Вовчик, а от них — прозвища вроде Вовак, Вовака, Вовкач. Так что первый и самый вероятный вариант: Вовака — это человек, которого в быту звали Вова, а потом закрепилось прозвище по этому имени.

Есть и другая версия, менее очевидная, но не лишённая оснований. В южнорусских и украинских говорах слово «вовака» могло быть вариантом «вовка» — волк. Волк в народной культуре — частый персонаж прозвищ, и фамилии Волков, Волк, Вовк (украинская форма) широко распространены. Вовака в этом случае — диалектное, слегка изменённое произношение того же корня. Однако эта версия слабее: если бы фамилия происходила от волка, скорее бы закрепилась форма Вовк или Волков, а не Вовака. К тому же суффикс -ака в русских фамилиях чаще «именной», а не зооморфный.

Географически фамилия Вовака тяготеет к западным и южным областям России, а также к Украине. Там уменьшительные формы на -ака встречаются чаще, чем в северных регионах. В метрических книгах XIX века такая фамилия могла принадлежать крестьянам или мещанам — сословный состав носителей вряд ли был иным, потому что дворянские фамилии такого типа почти не встречаются.

Интересная деталь: фамилия Вовака — одна из тех, что сохранила живую разговорную форму имени без «оглаголивания» суффиксом -ов или -ин. В отличие от Вовкина или Вовкова, она не стала притяжательной, а осталась прозвищной, что делает её более архаичной и редкой. В современных телефонных справочниках и базах данных она встречается единично — это не случайность, а следствие того, что модель на -ака в русской фамильной системе не стала продуктивной.