Фамилия Вовер — редкий случай, когда носитель языка почти сразу чувствует иноязычное происхождение. В русском языке нет корня «вовер-», да и суффикс -ер нетипичен для исконных русских фамилий, которые чаще заканчиваются на -ов, -ев или -ин. Поэтому версия, что фамилия пришла извне, — основная.

Скорее всего, Вовер — это фамилия немецкого или еврейского (ашкеназского) происхождения. В немецком языке существует слово «Waber» (от глагола «waben» — ткать, плести), которое могло обозначать ткача. В диалектах или при адаптации звук «б» мог перейти во «в»: Waber → Vover → Вовер. Другая возможная основа — верхненемецкое «Wober» (тот, кто работает, деятель). В любом случае, исходное прозвище давалось по роду занятий: ремесленник, ткач, работник. Фамилии на -ер в немецкой традиции как раз и означали «сын такого-то» или «человек, занимающийся тем-то».

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с французским словом «voyer» (смотритель дорог, дорожный мастер). Но для массового проникновения французских фамилий в Россию не было исторических предпосылок (в отличие от немецких колонистов при Екатерине II). Поэтому немецкая версия выглядит убедительнее.

Если фамилия встречается в среде потомков немецких колонистов Поволжья или Причерноморья, а также у евреев-ашкеназов, то её значение — «ткач» или просто «работник». В русской среде фамилия могла быть заимствована и русифицирована, но её исходная семантика осталась бы той же — указание на ремесло предка.

Встречаемость фамилии в России крайне низкая. Она не входит в списки распространённых фамилий и не имеет известных исторических носителей, оставивших след в энциклопедиях. Это делает её интересным объектом для семейной генеалогии: каждый носитель фамилии Вовер может с высокой вероятностью проследить свою родословную до конкретного переселенца-ремесленника из немецких земель.