Фамилия Вовкудан — редкая и необычная, её происхождение напрямую связано с народными верованиями и мифологией. В основе лежит нарицательное «волкодлак» (в диалектных вариантах «вовкулак», «вовкодлак», «волколак»), которое обозначает оборотня — человека, по поверьям, обращённого в волка, собаку или иное страшилище. Само слово составное: первая часть — «волк» (или украинское «вовк»), вторая — церковнославянское «длака», то есть «шкура». Буквально — «волчья шкура».

У славян оборотничеством наделяли не только нечистую силу и колдунов, но и обычных людей, пострадавших от проклятия или нарушивших клятву. Поэтому имя или прозвище Вовкудан могло нести охранительную функцию. Родители могли назвать так сына, чтобы отпугнуть злых духов и защитить от чужого проклятья — считалось, что имя-оберег, связанное с опасным существом, отводит беду.

С точки зрения словообразования фамилия Вовкудан выглядит как застывшая форма сложного прозвища. Суффикс -ан характерен для украинских и южнорусских фамилий, часто он указывает на лицо по действию или признаку (ср. «гуляка» → Гулян, «мастак» → Мастакан). В данном случае окончание -ан могло закрепиться за основой «вовкуд(л)а-» после утраты звука «л» в разговорной речи. Таким образом, Вовкудан — это не что иное, как «вовкулак», но в адаптированном, упрощённом произношении.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где слово «вовк» (волк) было в ходу. Встречается она крайне редко, что подтверждает её связь с локальным прозвищем, а не с массовой моделью именования.

Итог: ваш предок, скорее всего, носил прозвище Вовкудан, которое дали либо по внешнему сходству с оборотнем (например, за волосатость или диковатый нрав), либо намеренно, как оберег. Фамилия сохранила отголосок древних славянских представлений о границе между миром людей и миром нечистой силы.