Фамилия Войченков — типичный пример того, как простое прозвище обрастало стандартными суффиксами, превращаясь в фамилию. В ее основе лежит, скорее всего, слово «вой» — не от глагола выть, а от древнего значения «воин», «ратник». Прямой аналог — украинское «вояка» или польское wojownik. Человек с таким прозвищем мог быть бойцом, служилым или просто обладателем воинственного нрава.

Суффикс -енк- указывает на украинское или белорусское происхождение основы. В этих языках -енко — уменьшительный или патронимический суффикс (сын кого-то). Войченко — это «маленький вой» или «сын Воя». А уже на русской почве, при адаптации фамилии, к этой основе прирос стандартный русский суффикс -ов, обозначающий принадлежность. Так появился Войченков — буквально «сын Войченко» или «из рода Войченков».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Войцех. Войцех — это западнославянское имя (польское, чешское), означающее «утешение войска» или «тот, кто радует воинов». В русских говорах оно могло сократиться до Войко или Войча, откуда и пошло Войченко. Однако это объяснение сложнее: имя Войцех редко встречалось в собственно русских землях, чаще в западных губерниях и среди переселенцев.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины, где были сильны казачьи традиции. Войченковы часто встречаются в Ростовской области, Краснодарском крае, на Донбассе. В этих местах прозвище «Вой» могло закрепиться за казаком, участником походов, или за человеком, который в мирной жизни отличался драчливостью.

В отличие от фамилий вроде Воинов, где корень прозрачен, Войченков прошел двойную обработку: сначала уменьшительную форму в украинской среде, потом фамильную в русской. Это делает его хорошим примером того, как один и тот же смысл (воин) мог быть передан через разные словообразовательные модели в зависимости от региона.