Фамилия Войченко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «сын» или «потомок». В основе лежит имя или прозвище Войко, а оно, в свою очередь, восходит к древнерусскому имени Воин. Это имя было вполне реальным и официальным, а не просто прозвищем воина-солдата, как можно было бы подумать.

Как так вышло? На Руси существовала традиция давать детям «имена-прозвания» в честь святых, но иногда путаница возникала прямо в церкви. Малограмотные священники могли записать младенца не по имени святого в святцах, а по его характерному прозванию — например, Иван Воин. Так имя Воин и закрепилось как самостоятельное крестильное имя. Уменьшительная форма от него — Войко, а от Войко уже пошли Войченко и его родственники: Воейков, Воинов, Войнаровский, Войнович, Воецкий.

Менее вероятная, но любопытная версия связывает фамилию с румынским именем Войку. В румынском языке это аналог русского имени Иван (от древнееврейского «милость божья»). Если принять эту гипотезу, то Войченко — это «сын Войку», то есть Иванович. Однако версия с исконным славянским именем Воин выглядит правдоподобнее: она опирается на широкую географию однокоренных фамилий в русском и украинском ономастиконе, тогда как румынское влияние было бы более локальным.

Таким образом, носитель фамилии Войченко может считать своим предком человека, которого при крещении нарекли необычным, но вполне каноническим именем Воин. Или, если принять вторую версию, — потомка Ивана, которого в молдавских или румынских землях звали Войку. В любом случае, суффикс -енко однозначно указывает на украинское происхождение рода.