Фамилия Войченкова — женская форма фамилии Войченков. В русской традиции такие фамилии образуются от мужского варианта с помощью суффикса -а, что указывает на принадлежность женщине (жене, дочери или вдове Войченкова). Сама же основа восходит к прозвищу или имени Войченко, а точнее — к имени Войтех.

Корень здесь — «вой-», который в древнерусском и западнославянских языках связан с войной, воином (сравните: «воин», «войско»). Суффикс -енк(о) типичен для украинской и белорусской антропонимии: он образует фамилии, указывающие на сына или потомка (например, Войченко — «сын Войта»). Войт — это не имя, а социальный статус: так в Речи Посполитой называли сельского старосту или выборного судью. Слово пришло из немецкого Vogt (управляющий, наместник). Таким образом, Войченков — это «потомок Войта», а Войченкова — его дочь или жена.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с личным именем Войтех (чешское Vojtěch, польское Wojciech), которое переводится как «утешение воинства». В этом случае фамилия — отчество от уменьшительной формы Войтко, Войченко. Однако в украинских и белорусских говорах имя Войтех встречалось редко, а должность войта была повсеместной, поэтому первая версия убедительнее.

Географически фамилия Войченков (и её женская форма) чаще всего встречается на юго-западе России, в Брянской, Смоленской областях, а также в Беларуси — именно там была распространена должность войта и суффикс -енко. В XIX веке носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами, но редко — дворянами, так как фамилии на -енко обычно не давали сословных привилегий.

В написании Войченкова нет редких букв или двойных согласных, но ударение обычно падает на второй слог: Войче́нкова. В старых документах могла встречаться форма Войченко́ва — с ударением на последний слог, по аналогии с украинским произношением.