Фамилия Войденов — довольно редкий случай в русском ономастиконе. В ней нет привычного суффикса -ов, образованного от полного имени или прозвища. Здесь работает другая модель: основа «Войден-» плюс суффикс -ов, что указывает на происхождение от прозвища или имени Войден. Само слово «Войден» могло возникнуть из нескольких источников, и самый вероятный — это вариант крестильного имени Войдан или Войдан. В южнославянской традиции (сербской, болгарской, македонской) имя Войдан — производное от «вой» (воин) или «воевода» (военачальник). То есть Войден — это «воинственный», «принадлежащий к войску». В русских землях такие имена встречались редко, чаще у переселенцев из балканских регионов или в казачьей среде, где ценились «воинские» прозвища.

Вторая версия, менее убедительная, связывает фамилию с диалектным глаголом «войдать» — в некоторых говорах это означало «выть», «завывать» (о ветре или звере). Тогда Войден — человек с воющим голосом или прозвище по поведению. Но эта гипотеза слабая: суффикс -ен в русских прозвищах почти не встречается, а для глагольной основы типичнее форма Войда или Войка.

Интересна и географическая привязка. По данным современных справочников, фамилия Войденов встречается в основном на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Белгородской области. Это совпадает с районами, куда в XVII–XVIII веках переселялись украинские и южнославянские казаки. Возможно, предки носителей фамилии были выходцами с Дона или из Запорожья, где имя Войдан (Войден) бытовало как уменьшительное от «воевода» или «воин».

С точки зрения словообразования, фамилия Войденов — типичная «патронимическая» (по отцу), но с необычной основой. Если бы её образовали от полного имени, она звучала бы как Войданов или Войдинов. Форма с -ен- указывает на то, что в основе лежало именно прозвище или имя, которое уже имело суффикс -ен. В документах XVIII–XIX веков такая фамилия могла писаться и как Войдинов, и как Войденов, пока не закрепился современный вариант.

Социальный статус предков Войденовых, скорее всего, был невысок: казаки, однодворцы или государственные крестьяне. Среди дворянских родов фамилия не зафиксирована. Войденовы — люди, чьи предки носили «воинское» имя, но в мирной жизни занимались земледелием или службой на границе.