Фамилия Войханская — женская форма фамилии Войханский, и её происхождение напрямую связано с географическим названием. Чаще всего такие фамилии на -ский/-ская указывают на дворянское или шляхетское происхождение, но в XIX веке они широко распространились и среди духовенства, и среди крестьян, получивших фамилии по месту рождения или службы.

Основа фамилии — топоним Войханы или Войхань. На карте Восточной Европы есть несколько таких пунктов. Самый вероятный — село Войханы в современной Ленинградской области, на границе с Финляндией. В прошлом эти земли входили в Выборгскую губернию, и фамилия могла закрепиться за выходцами оттуда. Вторая версия — деревня Войханы в Псковской области, что также вписывается в ареал бытования фамилий с таким корнем. Реже встречается вариант, что Войханы — это искажённое название населённого пункта в Беларуси или Польше, где суффикс -ск- типичен для местной шляхты.

Корень «войх-» тёмный. Можно предположить, что он восходит к финно-угорскому или прибалтийскому субстрату: в карельском и финском языках есть слова, связанные с водой, заливом или глухим местом (сравните с финским voiha — «залив»). Но точной этимологии нет. Версия о славянском «вой» (воин) или «войха» (запах, вонь) маловероятна — такие прозвища обычно давали не по названию села, а напрямую человеку.

Суффикс -ан- в основе Войханы указывает на принадлежность к чему-то или обитателей местности (сравните: брежане — живущие на берегу, войхане — люди из Войх). Таким образом, Войханский — это «тот, кто родом из Войхан». Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, и её носители — это, скорее всего, потомки людей, переселившихся из одного небольшого села. Встречается она преимущественно на северо-западе России и среди эмигрантов первой волны.