Фамилия Войнопанченко — редкий пример, когда в основе лежит не имя, не профессия, а сложное прозвище, собранное из двух корней. Первая часть, «Войн-», восходит к древнерусскому «воин» (ратник, боец). Вторая, «-панченко», происходит от украинской или польской основы «пан» (господин, помещик, владелец). Получается смысловая конструкция «воин-пан» или «воинственный господин». Такое прозвище могли дать человеку за независимый, гордый нрав или за то, что он, будучи незнатного рода, держался с достоинством пана.

Модель образования типична для украинских фамилий с суффиксом «-енко» («сын кого-то»). Войнопанченко — буквально «сын Войнопана», то есть потомок человека по прозвищу Войнопан. Суффикс «-енко» массово закрепился в Поднепровье, на Левобережной Украине, в Слобожанщине. Географически фамилия Войнопанченко встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, а также в прилегающих регионах России, куда переселялись казаки и крестьяне.

В отличие от простых фамилий вроде Коваленко (сын кузнеца), Войнопанченко — это не ремесло, а характеристика. В казацкой среде, где ценилась вольность, прозвище «Войнопан» могло звучать иронично (крестьянин, возомнивший себя паном) или, наоборот, уважительно (человек, который и воин, и хозяин). Войнопанченко — не дворянская фамилия, а крестьянская или казацкая, но с ярким, почти литературным оттенком.

Вариант написания с двумя «н» (Войнопанченко) — единственно верный, так как основа «войн-» сохраняет удвоение при соединении с суффиксом. Однокоренных фамилий мало: встречаются Войнило, Войников, но «Войнопанченко» стоит особняком из-за составной основы. Споров о происхождении почти нет — лингвисты единодушны: это сложное прозвище-композит, характерное для украинской ономастики XVII–XVIII веков.