Фамилия Войшкун — одна из тех, что сразу выдают балтийское или, точнее, литовское происхождение. В русском языке она звучит как диковинка, но для Литвы или Беларуси это вполне узнаваемая модель. Основа здесь — личное имя Войшкун (Вайшкун, Vaiškūnas), которое в свою очередь восходит к литовскому корню vaiš-, связанному с гостеприимством, угощением (ср. vaišės — «пир», «угощение», vaišinti — «угощать»). Таким образом, Войшкун — это, скорее всего, прозвище хлебосольного человека или того, кто устраивал застолья, либо же имя-пожелание, данное ребёнку, чтобы он был щедрым хозяином.

Ключевая деталь, которая выделяет эту фамилию среди прочих, — её суффикс. В русской среде фамилии на -ун обычно образуются от глаголов и указывают на деятеля (бегун, говорун, молчун). Но в данном случае суффикс -ун в основе Войшкун — литовского происхождения, он является частью антропонимической модели, популярной в Великом княжестве Литовском. Сравните: литовские фамилии Войшкун, Войшкунас, Войшкунене. В русскую традицию фамилия попала, когда носитель — литвин или белорус — осел на восточных землях, и окончание было русифицировано: к основе добавился типичный русский патронимический суффикс -ов. Полная форма — Войшкунов — звучит уже по-русски, но носители могли со временем отбросить окончание, закрепившись в документах как просто Войшкун.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам России, граничащим с Беларусью и Литвой, — Смоленщине, Псковщине, Брянщине. Встречается она и в Беларуси, особенно в Гродненской и Витебской областях, где исторически был силён балтский субстрат. Социально это фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: люди, получившие такое прозвище, не принадлежали к высшей знати. В реестрах шляхты Великого княжества Литовского фамилия Войшкун не фиксируется как гербовая, что подтверждает её «простонародное» происхождение.

Интересно, что существует и вторая, менее вероятная, версия. По ней, основа Войш- может быть сокращением от славянского имени Войцех (чешского Войтех, польского Wojciech), а -кун — тюркским элементом, означающим «слуга» или «раб» (ср. татарское кул). Но эта гипотеза выглядит натянутой: сочетание славянского корня с тюркским суффиксом в одной фамилии для этой местности нетипично, тогда как литовская этимология объясняет всё естественно и без допущений. Поэтому первая версия — с гостеприимным хозяином — остаётся основной.