Фамилия Войскун — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа, а сам суффикс подсказывает больше, чем корень. Окончание -ун типично для украинских, реже белорусских фамилий, образованных от прозвищ с экспрессивным значением. В украинском языке суффикс -ун придаёт слову оттенок деятеля или носителя яркого признака: «крикун», «стрибун», «брехун». Значит, Войскун — это человек, которого так прозвали за какую-то характерную черту, а не по роду занятий или географическому названию.

Самая прямая версия — от слова «військо» (войско). Прозвище Войскун могли дать служивому, солдату, охотнику до военных дел или, наоборот, человеку, который любил рассказывать о битвах и походах. Но здесь есть тонкость: в украинском языке ударение в слове «військо» падает на первый слог, а в фамилии Войскун — на второй, на суффикс. Это характерно для прозвищ, образованных не напрямую от существительного, а от глагольной основы: «воювати» (воевать) → «войскун» — тот, кто воюет, драчун, задира. В говорах такое прозвище могло закрепиться за беспокойным, воинственным человеком.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным «войско» в значении «шум, гам, крик». В некоторых русских говорах «войсковать» означало «шуметь, буянить». Тогда Войскун — прозвище крикуна или скандалиста. Эта гипотеза слабее, потому что не подтверждается устойчивой словообразовательной моделью, но полностью исключать её нельзя: суффикс -ун как раз и служит для обозначения носителя такого действия.

Географически фамилия Войскун тяготеет к Украине и югу России, встречается в Запорожской, Днепропетровской, Харьковской областях. В дореволюционных списках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении или малой распространённости среди дворянства и духовенства. Скорее всего, Войскуны — потомки казаков или крестьян, получивших фамилию по уличному прозвищу уже после отмены крепостного права.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Войсков, Войсковой, Войскович) показывает, что Войскун стоит особняком. Если Войсков — типичная «притяжательная» фамилия от отца (чей? — Войсков), то Войскун — прозвищная, личная, характеризующая самого первого носителя. Это редкий случай, когда фамилия не говорит о происхождении от предка, а рисует его характер.