Фамилия Выбин образована от прозвища Выба, и её происхождение связано с несколькими возможными значениями, каждое из которых описывает разные стороны жизни предка. Наиболее вероятная версия связывает прозвище с диалектным глаголом «выбать», который в архангельских говорах означал «тронуть с места, колебать, качать». Это позволяет отнести Выбу к числу «профессиональных» прозвищ: так могли называть извозчика или ямщика — человека, чья работа была связана с постоянной тряской и движением. В более широком смысле прозвище могло закрепиться за физически сильным, крепким мужчиной, способным «сдвинуть» тяжесть.

Однако есть и другая, не менее интересная версия. В старину существовало существительное «выба» — так называли сваю, свороченную морозом из земли. Если прозвище пошло от этого корня, то Выбой могли прозвать человека, который плохо переносил холода (словно «вывороченный» стужей) или, наоборот, высокого и худого, напоминающего торчащую из земли сваю. Такое прозвище могло даваться по внешности или по особенностям характера.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Выбин, то есть сын или потомок Выбы. Эта модель типична для фамилий, произошедших от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия редкая и, вероятно, имеет севернорусские корни, так как оба возможных значения прозвища привязаны к архангельским говорам и реалиям деревенского быта. Потомок человека с прозвищем Выба со временем получил фамилию Выбин, которая и закрепилась в роду.