Фамилия Выдуйкин образована от прозвища Выдуйка. Основа — глагол «выдувать», то есть «продувать, выгонять дуя, гнать во что ветер, воздух, вывевать, провевать». Прозвище относится к так называемым профессиональным именованиям, указывающим на род деятельности человека. Скорее всего, основатель рода был стеклодувом — мастером, который выдувал из расплавленного стекла сосуды, украшения или оконные листы. В старину стеклодувов ценили, их ремесло требовало не только силы лёгких, но и тонкого чутья материала, поэтому прозвище Выдуйка могло закрепиться за человеком как наиболее употребительное именование, вытеснив крестильное имя.

Суффикс -ин в фамилии Выдуйкин — типичная русская патронимическая модель, указывающая на принадлежность: «чей?» — «Выдуйкин», то есть сын или потомок Выдуйки. Такая модель преобладает в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин активно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. В южных и восточных регионах чаще встречается суффикс -ов, так что география фамилии может указывать на исходное бытование в старообрядческих или поморских землях.

В ономастических словарях фамилия Выдуйкин не зафиксирована как широко распространённая, что говорит о её локальном происхождении. Сравните с однокоренными фамилиями Выдумов, Выдувалов, Выдуев — все они восходят к тому же глаголу, но каждая образована по своей модели. Выдуйкин стоит особняком: основа на -ка (Выдуйка) придаёт фамилии более разговорный, даже ласкательный оттенок, что редко для профессиональных прозвищ. Возможно, прозвище закрепилось не за самим мастером, а за его подмастерьем или сыном, которого в шутку называли «маленьким выдувальщиком».