Фамилия Выдуйкина хранит память о ремесле своего основателя. В её основе лежит прозвище Выдуйка, которое образовано от глагола «выдувать» — «продувать, выгонять дуя, гнать во что ветер, воздух, вывевать, провевать». В русской ономастике это редкий случай, когда в фамилии сохранилась не просто основа, а целая глагольная форма в повелительном наклонении, ставшая прозвищем. Такая словообразовательная модель встречается нечасто и обычно указывает на яркую, заметную черту человека или его занятия.

Скорее всего, прозвище Выдуйка относилось к так называемым профессиональным именованиям. Первым носителем мог быть стеклодув — мастер, выдувающий из расплавленного стекла сосуды, бусы или оконницы. В старину стеклодувов ценили на вес золота, их искусство передавали по наследству, и прозвище по ремеслу закреплялось за целой династией. Также нельзя исключать, что прозвище дали мельнику или веяльщику, работавшему с зерном: «выдувать» означало и «провевать» — отделять зерно от шелухи с помощью ветра.

Суффикс -ин в фамилии Выдуйкин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Выдуйки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Со временем прозвище Выдуйка, данное родоначальнику, закрепилось за его потомками как фамилия. Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, особенно в местах, где исторически были развиты стекольные промыслы — например, в бывшей Владимирской губернии.