Фамилия Выходченко — яркий пример украинской фамилии, образованной по классической модели с суффиксом -енко. На востоке и в центре Украины этот суффикс (уменьшительно-патронимический) в XVI–XVIII веках стал основным способом превратить прозвище или имя отца в фамилию потомка. Выходченко буквально означает «сын (или потомок) Выходца». То есть человек, первым получивший такое прозвище, был, скорее всего, пришлым, чужим в данной местности.

Основа фамилии — прозвище Выходец. В старину на Руси и в Речи Посполитой «выходцем» называли переселенца, беглеца с чужой территории, человека, который «вышел» из другого города, княжества или государства. Это мог быть крестьянин, ушедший от помещика на вольные земли, ремесленник, ищущий лучшей доли, или даже бывший пленный, вернувшийся домой. Прозвище давали не в укор, а как констатацию факта: «Выходец из Литвы», «Выходец с Сечи». Со временем оно закрепилось за семьей как родовое имя.

Интересно, что в русском языке существует похожая фамилия Выходцев, но в ней используется великорусский суффикс -ев. Форма на -енко однозначно указывает на украинское происхождение. Менее вероятна, но не исключена версия, что прозвище Выходец могло быть связано с церковным обрядом «выхода» (шествия) или с названием человека, который «выходил» больных (знахаря), но словари восточнославянских прозвищ фиксируют значение «пришелец» как основное.

Носители фамилии Выходченко исторически концентрировались в левобережной Украине — на Черниговщине, Полтавщине, в Слобожанщине. В реестрах казацкой старшины и мещан XVIII века эта фамилия встречается, но не входит в число самых распространенных. Это значит, что предки большинства современных Выходченко были не аристократами, а свободными военными или крестьянами, чья родовая память сохранила факт переселения предка.