Фамилия Выходовы (в мужском роде — Выходов) образована от прозвища или мирского имени Выход. Это типичная русская фамилия с патронимическим суффиксом -ов, который указывает на принадлежность потомку человека по прозвищу: «чей?» — Выходов сын, внук Выхода.

Слово «выход» многозначно, и прозвище могло возникнуть в разных социальных слоях. Самая вероятная версия связана с крестьянским бытом и правовыми отношениями в эпоху крепостного права. «Выходом» называли переход крестьянина от одного помещика к другому (крестьянский выход, ограниченный Юрьевым днём). Соответственно, Выходом могли прозвать крестьянина, который сменил владельца, был продан или переведён в другое имение.

Другое бытовое значение того же корня — оброк. Денежную или натуральную подать, которую крестьянин платил барину вместо отработки на барщине, в народе тоже называли выходом. В таком случае прозвище Выход получал крестьянин, отпущенный на оброк, то есть имевший больше хозяйственной самостоятельности, чем барщинный.

Менее распространённая, но допустимая версия — профессиональная. «Выход» в церковной традиции — это Великий выход, торжественное перенесение Святых Даров во время литургии. Прозвище Выход мог получить пономарь или дьячок, участвовавший в этом обряде. В ремесленной среде выходом называли обработку и отделку тканей (например, на фабрике), так что прозвище могло закрепиться за мастером или рабочим.

Интересна диалектная версия: в пермских говорах «выходами» называли ветхую обувь, башмаки на босу ногу, которые носили крестьяне. Прозвище Выход в этом случае могло быть ироничным — его давали человеку, носившему такую обувь, или, напротив, тому, кто её чинил или продавал.

Фамилия Выходов фиксируется в разных регионах, но особенно характерна для северных и центральных губерний России, где были сильны традиции мирских имён и прозвищ. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных фамилий у крестьян завершился в основном к XIX веку, однако отдельные случаи могли быть и раньше.