Фамилия Выходов — это отчество второго порядка, образованное от прозвища Выход с помощью типичного русского суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей потомок?» — Выходов). Само прозвище Выход многозначно, и у него есть несколько версий происхождения.

Самая распространённая трактовка связана с социальным положением предка. Выходом в допетровской Руси называли переход крестьянина от одного помещика к другому (в Юрьев день). Прозвище Выход могли дать крепостному, которого продали или перевели новому владельцу. Другое, близкое значение — альтернатива барщине, денежный или натуральный оброк, который крестьянин платил барину. В народе этот налог тоже называли выходом, и прозвище мог получить крестьянин, отпущенный на оброк.

Есть и профессиональные версии. Выходом называли церковный обряд перенесения Святых Даров во время литургии (Великий выход) — в этом случае прозвище могло закрепиться за пономарём или служкой. В текстильном деле выход означал уход за тканями, их обработку, так что предок мог быть фабричным мастером.

Отдельного внимания заслуживает диалектное значение. В пермских говорах выходами называли ветхую обувь, башмаки на босу ногу, которые носили крестьяне. Прозвище Выход могло быть ироничным: так дразнили человека, который носил старую обувь, или, наоборот, того, кто её чинил.

Фамилия Выходов не относится к числу дворянских или княжеских — это типичная крестьянская фамилия, образованная от бытового прозвища. Встречается она в основном в центральных и северных губерниях России. Сравните с однокоренными фамилиями Выходцев, Выходный, Выходской — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, которые указывают на разные региональные модели образования.