Фамилия Выхрест — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а религиозный статус предка. Это фонетический вариант слова «выкрест», которое в допетровской и синодальной России имело чёткое значение: человек, оставивший прежнюю веру (мусульманство, иудаизм, буддизм) и принявший православие. Буква «х» в разговорной речи перед звонким «р» часто озвончалась и переходила в «г» или просто выпадала, что и дало форму Выхрест вместо Выкрест.

Особенно много выкрестов появилось в XVI–XVIII веках, когда шла активная христианизация Поволжья и Сибири. Государство поощряло таких новообращённых: им давали налоговые льготы, освобождали от рекрутчины, иногда выделяли землю. Переход в православие был событием настолько заметным, что выделял человека из всей общины — и прозвище Выкрест (а затем Выхрест) закреплялось за ним как фамильное.

Суффикс в фамилии нулевой: она образована напрямую от прозвища без дополнительных формантов вроде -ов или -ин. Такая модель встречается реже, чем патронимическая, и характерна для прозвищ, которые воспринимались как уже готовое именование. По той же схеме сложились фамилии Крест, Поп, Дьяк.

В документах фамилия почти не встречается за пределами регионов бывшей Казанской губернии и Западной Сибири — там, где выкресты составляли заметную прослойку населения. В других областях России она либо исчезла, либо трансформировалась в Выкрестов, где суффикс -ов уже указывает на принадлежность к роду «Выкреста».