Фамилия Вышенская — женская форма от Вышенский, и её разумнее всего разбирать в мужском варианте, чтобы понять корень. Модель образования здесь типична для польской, украинской и русской аристократической или духовной среды: суффикс -ск-/-цк- указывает на связь с географическим названием или владением. Носитель такой фамилии — «тот, кто из Вышнего» или «тот, кто с Вышни».

Самая прямая версия — происхождение от топонима Вышня (или Вышнее). На карте Украины есть несколько сёл с названием Вышня (например, в Львовской области), а в России — Вышнее, Вышний Волочёк, хотя последний дал бы скорее фамилию Вышневолоцкий. В основе названий лежит древнерусское «вышь» — высокий, возвышенный. Человек, переселившийся из такого места, получал прозвание Вышенский, а его жена или дочь — Вышенская. В польской традиции фамилия могла звучать как Wyszeńska и относиться к шляхте, владевшей имением Вышня.

Вторая, менее очевидная версия — связь с прозвищем или мирским именем Вышня. В старину «вышней» называли старшего по положению или возрасту, а в новгородских говорах — даже нечто вроде «верховного» или «главного». Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилии на -ский редко образуются напрямую от прозвищ без топонимической прослойки.

Фамилия не слишком распространена, её концентрация заметна в западных областях России и в Беларуси, что подтверждает польско-литовский след. В духовном сословии фамилии на -ский давали семинаристам по названию прихода или села, где служил отец, так что Вышенский мог быть и искусственной «школьной» фамилией, образованной от названия храма в честь иконы «Вышенская» (список Божией Матери из Вышенского монастыря). В любом случае корень один — «высокий», и фамилия звучит как указание на возвышенное место или положение, хотя в быту её носители чаще всего были простыми крестьянами или мещанами, взявшими фамилию по месту жительства.