Фамилия Вышкребенец — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, почти полностью сохранило свою глагольную форму. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от существительных (Кузнецов, Мельников), здесь мы видим основу глагола «вышкреб(ать)» — то есть «выскрести, вычистить скребком». Суффикс -енец указывает на лицо по действию: так же, как беженец — тот, кто бежал, или продавец — тот, кто продаёт, вышкребенец — человек, который вышкребал, выскребал что-то. Это типичная модель для прозвищ, характеризующих человека по занятию или особенности поведения.

Что именно вышкребал предок? Самая прямая версия — ремесленная. В крестьянском и ремесленном быту скребли многое: скребком чистили кожи после дубления (кожевенное дело), выскабливали деревянную посуду, вычищали печи или полы. Прозвище Вышкребенец мог получить либо скорняк, либо подмастерье, занимавшийся самой чёрной, «скребущей» работой. Вторая, менее очевидная версия — прозвище по характеру: так могли назвать дотошного, «скребущего» человека, который до всего докапывается, или, напротив, того, кто постоянно выпрашивает, «выскребает» у других.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Суффикс -енец особенно характерен для украинской и белорусской ономастики (ср. Выскребец, Выскребенец). В России фамилия встречается локально — единичные носители есть в Брянской, Смоленской областях, а также на Кубани, куда переселялись выходцы с Украины. Написание через «ы» после «в» и с «е» во втором слоге — показатель южнорусского или украинского произношения, где «ы» звучит твёрже, чем «и».

Интересно, что однокоренные фамилии (Выскребов, Выскребенцев, Скребнев) встречаются чаще, но именно Вышкребенец сохранила архаичную глагольную форму без перехода в притяжательное прилагательное на -ов. Это позволяет с большой уверенностью говорить, что фамилия не «застыла» в канцелярском перечне, а осталась живым прозвищем, зафиксированным в документах практически в неизменном виде.