Фамилия Вышутин образована по простой и распространённой модели: к основе добавлялся суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын такого-то» или «из семьи такого-то». В русских фамилиях -ин обычно крепится к основам на -а/-я, но в случае Вышутина основа заканчивается на твёрдый согласный, что для этой модели редкость. Здесь суффикс, скорее всего, закрепился в безударной позиции или фамилия получила -ин по аналогии с другими — например, под влиянием северных или рязанских говоров, где окончание -ин могли добавлять к любым основам.

Корень фамилии — личное имя или прозвище Вышута. Имя это неканоническое, не из святцев; его основа — глагол «вышутить» или «вышучивать», то есть осмеять, поднять на смех. Прозвище Вышута могли дать человеку острому на язык, любителю пошутить или тому, кто сам становился объектом шуток. В русской ономастике немало фамилий, образованных от глагольных корней со значением «говорить, смеяться, зубоскалить»: Шутихин, Шутов, Смехов. Вышутин стоит в том же ряду, но с приставкой вы-, которая придаёт действию завершённость или интенсивность — «вышутил», «высмеял окончательно».

Встречается фамилия в основном в центральной России и Поволжье, но не массово. В дореволюционных переписях Вышутины фиксировались как крестьяне и мещане — никаких следов дворянства или привилегированных сословий за этой фамилией нет. Исконное ударение, судя по говорам, падает на первый слог: Вышутин, а не Вышутин, хотя в современном бытовании встречаются варианты.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт любопытную деталь: если Шутов и Шутиков могли происходить от имени Шут (персонаж скоморошьего действа), то Вышута — это не столько роль, сколько характеристика человека «вышучивающего», активного насмешника. Такое прозвище могли дать не за профессию, а за склад характера.