Фамилия Выйкин — редкий пример, где основа не от имени, не от ремесла, а от глагольной формы, причём в повелительном наклонении. Это так называемая «командная» фамилия: в её основе лежит приказ «выйди» или «выйки» (диалектный вариант глагола «выйти»). Такие фамилии — Выйкин, Выйтихин, Найденов, Ждимеркин — обычно давали подкидышам или детям, найденным на улице, в поле, у порога. Смысл прозвища прозрачен: «выйди (откуда-то)» — то есть ребёнок словно «вышел» навстречу приёмным родителям, был обнаружен случайно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Выйкин буквально значит «сын Выйки». Само прозвище Выйка — усечённая форма от глагольной команды, как Глядя от «гляди», Нечай от «не чай (не жди)». В русских говорах форма «выйки» вместо «выйди» зафиксирована в северных и сибирских диалектах, поэтому фамилия тяготеет к северу России — Архангельской, Вологодской областям, а также к Уралу и Сибири, куда переселенцы принесли говор.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от карельского или финского корня «vyyhti» (моток, клубок) или «vainio» (поле), но она не объясняет суффикс -ин, типичный для русских фамилий, а не для прибалтийско-финских. К тому же в документах XIX века Выйкины встречаются именно среди русского крестьянства, а не среди карелов. Так что происхождение от прозвища-команды — основное и самое правдоподобное.

Фамилия недворянская, не купеческая: Выйкины — почти всегда крестьяне, реже мещане. В переписях XVIII–XIX веков она фиксируется в Олонецкой, Вятской и Пермской губерниях. Сегодня носителей мало, фамилия на грани исчезновения, что делает её особенно ценной для генеалогии: найти своих Выйкиных — задача с чётким региональным следом.