Фамилия Выймова — женская форма от мужской Выймов. В основе лежит прозвище Выйм. Самая прямая версия связывает его с глаголом «выимать» (вынимать, доставать, вытаскивать). В русском языке слово «выимка» означало и действие, и сам процесс изъятия чего-либо, в том числе запрещенного. Отсюда «выемщик» — человек, который участвует в выемке, понятой или полицейский при обыске. Прозвище Выйм могли дать либо по роду занятий, либо по характеру — цепкому, дотошному.

Менее очевидная, но любопытная версия уводит на северо-запад. В эстонском языке «võim» (выйм) — это сила, мощь. В таком случае прозвище могло описывать физическую стать предка: крепкого, сильного человека. Эстонское влияние на русские фамилии встречается в приграничных районах Псковской, Ленинградской областей и среди староверов Прибалтики.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: фамилию дали по отцу — «чей?» — Выймов сын. Фамилия редкая, в официальных списках частотных фамилий России не значится. Встречается в единичных записях, что говорит о локальном происхождении: возможно, от одной семьи или переселенцев.