Фамилия Выждакова — женская форма фамилии Выждаков, и её разбор стоит начать с суффикса. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Выждаков буквально значит «сын Выждака». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Выждак, которое образовано от глагола «выждать» (подождать, вытерпеть). Скорее всего, так могли назвать терпеливого, неторопливого человека, умеющего дожидаться нужного момента. В русских говорах слово «выждак» не фиксируется как самостоятельное, но глагольная основа прозрачна и встречается в других фамилиях той же модели — например, Жданов (от «ждать»), Выжидалов.

Географически фамилия редкая и не имеет ярко выраженного гнезда. В дореволюционных источниках и современных базах данных Выждаковы встречаются единично, преимущественно в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. Там же бытует и однокоренная фамилия Выжидалов, что подтверждает диалектную природу основы.

Словообразовательный нюанс: в фамилии Выждаков корень «выжд-» (от «выждать») сочетается с редким для русских фамилий суффиксом -ак. Обычно -ак даёт прозвища по характерному действию или качеству — Рыбак, Гуляка, Смеляк. Выждак в этом ряду означало бы «тот, кто выжидает». Такая модель продуктивна в северных и сибирских говорах, где -ак часто добавляют к глагольным основам.

Таким образом, предок носителей фамилии получил прозвище за выдержку или за неспешный нрав, а не за профессию или место жительства. Фамилия не дворянская и не старинная княжеская — скорее всего, она сформировалась в крестьянской или посадской среде не позднее XVII–XVIII веков. Других версий происхождения (например, от тюркских или финно-угорских корней) нет — основа чисто славянская и легко читается без дополнительных допущений.