Фамилия Ябковский образована по одной из самых распространённых в восточнославянском ономастиконе моделей — с суффиксом -ский. Этот суффикс изначально указывал на принадлежность к местности или владению: «из Ябкова» или «с Ябкова». То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из населённого пункта с названием Ябково или Ябков. Такие топонимы встречаются в России, Беларуси и Польше — например, деревни Ябково есть в Смоленской, Костромской и других областях. Корень здесь, очевидно, связан со словом «яблоко» или «яблоня», что даёт основание предполагать: селение могло быть названо по яблоневому саду или по местности, где росло много диких яблонь.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение не от географического названия, а от прозвища или мирского имени Ябко. В древнерусской традиции имя Ябко (уменьшительное от Яблоко) могло быть дано человеку с круглым лицом, румяным или плодовитому, как яблоня. В таком случае фамилия Ябковский — это патроним с добавлением шляхетского суффикса -ский, что типично для западнорусских земель, где подобные окончания часто «прирастали» к простым крестьянским прозвищам при переходе в дворянское или мещанское сословие.

С точки зрения социального контекста, фамилии на -ский в XVIII–XIX веках были особенно характерны для польской шляхты и украинской старшины, а также для духовенства. Однако Ябковский не относится к числу громких дворянских фамилий (нет упоминаний в Бархатной книге или родословных сборниках). Скорее всего, это фамилия однодворцев, мелкой служилой шляхты или крестьян, получивших фамилию по месту жительства при переписях. Встречается она преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Беларуси, в Смоленщине и на Волыни.

В написании фамилии возможны варианты: Ябковский (с буквой «о» в корне) и реже Ебковский — из-за акающего произношения в некоторых говорах, но это уже искажение. Однокоренные фамилии — Яблоков, Яблонский, Яблонев — образованы от тех же корней, но по другим моделям. Ябковский стоит особняком: его суффикс -ский и топонимическая природа выдают человека, чей предок был «из Ябкова», а не просто «яблочный».