Фамилия Яфесов — редкая и неочевидная для носителя русского языка. Первое, что бросается в глаза, — основа «Яфес» не имеет ничего общего с распространёнными древнерусскими именами или названиями ремёсел. В этом и кроется её главная загадка.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища или неканонического имени Яфес. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Яфеса). Но что могло означать само слово? Здесь есть две основные версии.

Первая и самая вероятная — фонетический вариант библейского имени Иафет (Яфет), одного из сыновей Ноя. В народной среде имя могло упроститься до Яфес (как Иван становился Иваном, а Илья — Ильёй). Тогда Яфесов — это «потомок человека, носившего имя Иафет». Такие «библейские» фамилии встречаются, но редко: обычно они образовывались от имён, вошедших в святцы, а Иафет в православных святцах не значится. Значит, имя или прозвище могло быть мирским, данным в крестьянской или старообрядческой среде.

Вторая версия — тюркское происхождение. В татарском и башкирском языках есть слово «яфес» (джафес) — «сосна» или «сосновый бор». Прозвище Яфес могли дать человеку, жившему у соснового леса, или высокому, стройному, как сосна. В этом случае фамилия Яфесов — русская по форме (суффикс -ов), но с тюркским корнем. Такое не редкость для Поволжья и Приуралья, где веками жили рядом русские и татары.

Написание фамилии устойчиво: Яфесов, а не Яфессев или Ефесов. Ударение, скорее всего, на первый слог — Я́фесов, хотя в разговорной речи встречается и вариант Яфе́сов. Географию бытования установить сложно из-за редкости, но логично искать её корни либо в южных областях России (где сильны старообрядческие традиции), либо в Татарстане и Башкортостане.

Однокоренных фамилий почти нет. Можно вспомнить разве что Яфетов (от той же библейской основы) или Яфесович, но они ещё реже. Никакой путаницы с другими фамилиями — Яфесов стоит особняком. Для её носителя это почти наверняка уникальный случай в родословной, и восстановить историю предков можно только через архивные записи или семейное предание.