Фамилия Яфишов — редкая и нестандартная для русского ономастикона. Её форма сразу настораживает: в ней нет привычного корня, который легко соотнести с профессией или именем. Суффикс -ов указывает, что перед нами типичная русская модель образования отчества или прозвища («чей?» — Яфишов), но основа Яфиш- почти не встречается ни в документах XVII–XVIII веков, ни в современных списках фамилий.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища или имени Яфиш. В русских говорах слово «яфиш» не зафиксировано, но оно могло быть искажением или диалектным вариантом личного имени. Например, от канонического имени Иоаким (в бытовой форме Яким, Яфим) через прибавление суффикса -иш-: Яфиш — уменьшительное или пренебрежительное прозвище. Суффикс -иш- в русской антропонимии встречается редко, обычно в южнорусских и украинских говорах (ср. фамилии Гавриш, Даниш, Петриш). В таком случае Яфишов — «сын Яфиша», а сам Яфиш — человек по имени Яфим или Иоаким.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с тюркскими корнями. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, есть основа «яфиш» (или «явыш») со значением «тихий, смирный, спокойный». Если предки носителя фамилии жили в зоне русско-тюркского пограничья (Поволжье, Приуралье), прозвище Яфиш могло закрепиться за человеком с таким характером, а затем русифицироваться через суффикс -ов.

География фамилии сегодня крайне узкая. По данным открытых источников, единичные носители Яфишова встречаются в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области. Это косвенно подтверждает вторую версию — региональную привязку к Урало-Поволжью, где смешивались славянские и тюркские традиции имянаречения.

Сословная принадлежность предков неясна. Фамилия не имеет признаков дворянского или купеческого происхождения (отсутствие в родословных книгах, редкое написание). Скорее всего, Яфишовы — потомки крестьян или однодворцев, получивших фамилию в XIX веке при переписях населения. Уникальность фамилии в том, что она сохранила редкую модель образования с суффиксом -иш-, который в русских фамилиях почти вытеснен более частотными -к-, -н- и -ич-.