Фамилия Яфишев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов-, который указывал бы на отчество от имени или прозвища. Здесь скорее всего работает суффикс -ев, присоединённый к основе Яфиш. Если разобрать словообразовательную цепочку, то Яфишев — это «чей?» — сын или потомок Яфиша. А вот что такое «Яфиш» — главный вопрос.

Самая правдоподобная версия ведёт к тюркским корням. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть имя Яфиш (или Йафиш), которое восходит к арабскому «йафи’» — «высокий», «возвышенный», «знатный». В мусульманской ономастике это имя встречается, хотя и не так часто, как Мухаммад или Ахмад. Фамилия могла образоваться у крещёных татар, мишарей или башкир, перешедших в православие, когда при крещении давали русскую фамилию по имени отца. Географически такие фамилии встречаются в Поволжье, особенно в бывшей Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с диалектным русским словом «яфить» (или «яфиться») — в некоторых говорах так называли капризного, привередливого человека. Но эта гипотеза слабая: слово редкое, и неясно, как от него получилось бы прозвище Яфиш, а не, скажем, Яфит. Тюркское объяснение надёжнее, тем более что суффикс -ев в русских фамилиях часто ставили именно при адаптации нерусских имён.

Сословный состав носителей фамилии, судя по разрозненным данным (например, метрическим книгам XIX века), был крестьянским и мещанским. Дворянских родов с такой фамилией нет. Встречается она редко даже в Поволжье, а за его пределами — единично. Если вы носите фамилию Яфишев, скорее всего, ваши предки жили на юго-востоке европейской России, в зоне контакта славянского и тюркского населения, и фамилия досталась от предка по имени Яфиш — «высокого» или «знатного» человека, по крайней мере по смыслу его имени.