Фамилия Ягофуров — редкий пример фамилии тюркского происхождения, которая в русской среде сохранила свою исконную основу почти без изменений. Её ядро — арабское имя Йагуфур (Ягуфур), которое восходит к одному из 99 имён Аллаха в исламе — аль-Гафур (Всепрощающий). В тюркских языках, особенно в башкирской и татарской среде, это имя бытовало в форме Ягофур или Ягуфур, и именно от него через стандартный суффикс принадлежности -ов была образована фамилия.

Модель образования здесь простая и характерная для XIX — начала XX века, когда у народов Поволжья и Приуралья массово закреплялись фамилии по отцу. Ягофуров буквально означает «сын Ягофура». Суффикс -ов указывает на русское оформление, но сама основа осталась неадаптированной, что отличает эту фамилию от многих других, где тюркское имя русифицировали до неузнаваемости (например, Яковлев от Якуб — здесь случай обратный).

Географически фамилия привязана к Башкортостану и прилегающим районам Оренбургской и Челябинской областей. Встречается она почти исключительно среди башкир и татар, причём у башкир — чаще. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были мусульманами-суннитами, и имя мальчику давали с религиозным смыслом: как пожелание милости и прощения от Всевышнего.

Интересная деталь: в метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилию могли записывать по-разному — Ягофаров, Ягуфуров, а иногда и через «е»: Егофуров. Такая вариативность — норма для дореволюционного делопроизводства, где писарь передавал звучание на слух, не зная твёрдой орфографии. Современное написание «Ягофуров» — наиболее частотное и устоявшееся.

Сословно предки Ягофуровых были, по всей видимости, государственными или ясачными крестьянами, реже — представителями мусульманского духовенства (муллами). Дворянских корней фамилия не имеет, так как в среде тюркских народов она не была связана с землевладением или службой, а передавалась как обычная родовая метка.