Фамилия Ягофарова образована от башкирского имени Ягофар, которое восходит к арабскому имени Джафар, которое переводится как «райский ручей». Имя Джафар — это имя шестого имама (т.е. «основателя мусульманской общины») шиитов. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ягофаровых можно лишь на основании генеалогических исследований.