Фамилия Ягуджинский — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищное происхождение. Судя по суффиксу -ский, типичному для польской и украинской шляхты, а также для русских дворянских родов, фамилия образована от названия места. Но вот от какого именно — тут начинается самое интересное.

Основа «Ягудж» или «Ягуда» не встречается в славянских языках в качестве имени или прозвища. Вероятнее всего, перед нами тюркский или арабо-персидский след. В тюркских языках существует слово «ягуджи» (yagudji) — «маслодел», «тот, кто сбивает масло» или «торговец маслом». Если к этому ремесленному прозвищу добавить польский суффикс -инский, указывающий на принадлежность к роду или поместью, получится «принадлежащий к роду Ягуджи» или «выходец из селения, где жили маслоделы». Однако более правдоподобна версия с топонимом: в исторических документах упоминаются населённые пункты с похожими названиями, например, Ягуда (в Татарстане) или Ягуджино (в Поволжье). Фамилия могла закрепиться за переселенцами из такого села, которые при переезде в польско-литовские земли или на юг России получили «шляхетское» окончание.

Словообразовательная модель проста: корень «ягудж» + суффикс -ин- (указывает на принадлежность) + суффикс -ский (типичный для фамилий знати и духовенства). Носитель фамилии — потомок человека, которого звали Ягуджа (вероятно, по прозвищу или по месту жительства), или владелец имения Ягуджино. Встречаемость фамилии крайне низкая, в основном в центральной России и среди потомков обрусевших татарских родов.

Спорных версий немного. Иногда основу пытаются связать с еврейским именем Йегуда (Иуда), но тогда фамилия звучала бы как Ягудинский или Егудинский. Фонетический переход «д» в «дж» (Ягуда → Ягуджа) характерен для тюркских языков, где звук «дж» обычен, а для иврита — нет. Поэтому тюркское ремесло или топоним выглядят убедительнее. Социальный контекст: окончание -ский в XIX веке могло быть присвоено и крестьянам при переходе из однодворцев или при получении дворянства за выслугу, но в данном случае — скорее всего, это след польско-татарской или русско-татарской знати, осевшей на восточных окраинах Речи Посполитой.