Фамилия Ягудзинский — редкий пример фамилии, где географическая привязка почти наверняка перевешивает личное прозвище. Если отбросить экзотические версии с еврейским корнем (от «ягуд» — «иудей»), которые не подтверждаются типичной польско-украинской моделью образования, то перед нами типичная «топонимическая» фамилия шляхетского или полукрестьянского происхождения.

Суффикс -ский (в польском варианте -ski) в восточнославянских землях чаще всего указывал на владельца имения или выходца из конкретного места. Основа «Ягудз-» (возможные варианты написания: Ягудзе, Ягуже, Ягуджа) — это искажённое название населённого пункта. Скорее всего, речь идёт о бывшем селе Ягудзино или Ягудз (такие топонимы встречались на территории современной Украины и Беларуси, особенно в Волынской и Подольской губерниях). В свою очередь, название села могло произойти от личного имени Ягода (уменьшительное от Аггей или Яков) либо от диалектного слова «ягуд» — в некоторых говорах так называли кислую ягоду или даже скупого человека.

Таким образом, первый носитель фамилии — скорее всего, польский или украинский шляхтич, владевший хутором Ягудзино, либо крестьянин, которого переписали по месту жительства: «из Ягудзина». В пользу польского следа говорит и типичная для Речи Посполитой фамильная форма на -иньский/-инский, которая в русском языке закрепилась как -инский. Если фамилия происходит из более западных регионов (Галиция), ударение могло падать на второй слог: ЯгудзИнский.

В XIX веке носители фамилии встречались среди православного и католического духовенства, а также среди мелкой шляхты, которая после разделов Польши переходила в податное сословие. В современных базах данных фамилия крайне редка и локализована в основном в западных областях Украины и в Беларуси, с единичными выходами в Россию. Версия о происхождении от еврейского «ягуд» (иудей) маловероятна, так как у евреев фамилии на -ский обычно образовывались от названий местечек, а не от этнонима, и в таком случае форма была бы Ягудинский или Ягудский.