Фамилия Якемсев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии происхождения. Это не фамилия от крестильного имени вроде Яков или Иаким, хотя на слух такое сходство есть. Основа здесь — топоним, а точнее, название реки Якемсев (Якемсева), которая протекает в Пермском крае, в Кунгурском районе. Речка небольшая, но именно её имя легло в основу прозвища или фамилии первопоселенца.

Словообразовательная модель простая и типичная для русского севера и Приуралья: суффикс -ев присоединён к основе Якемсев-. В таком варианте фамилия выглядит как притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?» — то есть «сын Якемсева». Но здесь важно не путать: Якемсев — это не имя человека, а название места. Первый носитель, скорее всего, получил прозвище по месту жительства: «Якемсевский», то есть «с реки Якемсев», которое со временем сократилось до Якемсев. Такая модель — от реки или урочища без промежуточного суффикса -ский — встречается в фамилиях уральских крестьян и казаков, например, Ирбитцев, Чусовлянин, но для речных названий она нетипична, что и делает Якемсева нестандартным.

Сам гидроним Якемсев, вероятно, финно-угорского происхождения, как и многие названия в Пермском крае. Можно предположить, что в основе лежит коми-пермяцкое слово, связанное с водой, болотом или лесом, но точной этимологии без специальных диалектных словарей не дать. Фамилия осталась локальной: её носители исторически сосредоточены в Пермской области и соседних районах Свердловской области. За пределами этого ареала Якемсев встречается редко, что подтверждает версию о происхождении от конкретного географического объекта, а не от широко распространённого имени.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Якемсев стоит особняком. Есть фамилия Якименко (от Яким), есть Яковлев (от Яков) — и все они массовые. Якемсев же не связан с христианским именем напрямую, хотя в народной этимологии его могли переосмыслить как «Якимов сын» с искажением. Но это вторичное сближение, а первичное значение — указание на малую родину предка, на речку, у которой он поселился.