Фамилия Яхонтор — редкая и необычная для русского слуха. Её основа — слово «яхонт», старинное название драгоценных камней, чаще всего рубина или сапфира. В древнерусском языке «яхонт» заимствовано из греческого через посредничество других языков и означало «драгоценный камень, самоцвет». Однако сразу заметим: суффикс -ор в русской фамильной модели нестандартен. Обычно русские фамилии образуются с помощью -ов, -ев, -ин, -ский. Здесь же мы видим окончание, скорее свойственное западноевропейским или искусственным фамилиям.

Наиболее вероятное объяснение — фамилия искусственная, семинарская. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали благозвучные фамилии по названиям цветов, камней, добродетелей. «Яхонтов» — известная семинарская фамилия (например, у поэта Владимира Яхонтова). Форма «Яхонтор» могла возникнуть как вариант, подражающий латинизированным окончаниям (вроде «Аквамарин» → «Аквамаринов»), но с сохранением иноязычного звучания. Возможно, её создал священник или учитель, стремившийся придать фамилии «учёный» вид.

Вторая версия, менее правдоподобная, но допустимая: фамилия могла быть получена от прозвища «Яхонт» (человек, ценивший себя дорого, либо ювелир), а суффикс -ор — результат позднейшего искажения или описки в документах. Однако массовых примеров такого словообразования в русской ономастике нет.

Географически фамилия Яхонтор почти не встречается в современных базах данных. Скорее всего, она либо исчезла, либо сохранилась в единичных семьях. В сословном отношении носители такой фамилии, если она семинарская, относились к духовенству или, реже, к мещанству.

Таким образом, фамилия Яхонтор — скорее всего, книжное, искусственное образование, связанное с миром драгоценных камней и духовной средой, где ценилась благозвучность и символика.