Фамилия Яхонт — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и не крестильное имя, а название драгоценного камня. В старом русском языке яхонтом называли рубин (красный яхонт) или сапфир (синий яхонт). Само слово пришло через греческий с Востока, но в русских говорах оно стало нарицательным для всего дорогого, блестящего и ценного.

Модель образования простейшая: бессуффиксная фамилия, когда исходное нарицательное слово становится фамилией без добавления типичных окончаний -ов, -ин или -ский. Такое оформление — прямое указание на прозвище. В XVI–XVII веках прозвище Яхонт могли дать человеку с яркой внешностью, например, с румяным лицом (как красный яхонт) или с редкими синими глазами (как синий яхонт). Возможен и переносный смысл: «дорогой человек», которого в семье или общине ценили наравне с самоцветом.

В отличие от фамилий на -ов, которые массово закрепились за крестьянами после отмены крепостного права, Яхонт — фамилия «именная», без патронимического суффикса. Она могла возникнуть в среде посадских людей, купечества или даже духовенства. В дворянских родах такие фамилии тоже встречались, но редко: например, известен род Яхонтовых (с суффиксом -ов), что говорит о том, что исходное прозвище было Яхонт, а его потомки стали Яхонтовыми. Сама же фамилия Яхонт без окончания — более архаичная форма, сохранившаяся у отдельных ветвей.

Географически фамилия тяготеет к центральным губерниям России, особенно к Московской и Тверской, где в писцовых книгах XVII века изредка упоминаются крестьяне и ремесленники с таким прозвищем. Встречается она и у старообрядцев, которые нередко сохраняли старые неканонические именования. На Украине и в Белоруссии фамилия Яхонт тоже фиксируется, но чаще в виде Яхонтов, что связано с местной словообразовательной традицией.

Есть и другая, менее вероятная версия: что Яхонт — это искажённое тюркское имя или прозвище, например, от «яхшы» (хороший) с добавлением -нт. Но прямых лингвистических подтверждений этому нет, а семантика драгоценного камня в русском языке настолько прозрачна, что версия с прозвищем-самоцветом остаётся основной.