Фамилия Яхонтава звучит необычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. Вопреки интуитивному ожиданию, её основа — не тюркская и не финно-угорская, а вполне славянская, но с редкой словообразовательной моделью. Фамилия образована от прозвища или мирского имени Яхонт. В древнерусском языке «яхонт» — это общее название для драгоценных камней, чаще всего рубина или сапфира. Такое прозвище могли дать человеку за красоту, яркость, дорогой нрав или, напротив, иронично — за любовь к побрякушкам.

Уникальность фамилии — в суффиксе. Подавляющее большинство русских фамилий на -ов/-ев образованы от основ на согласный или -й (Иван — Иванов, Кузнец — Кузнецов). Фамилия Яхонтава демонстрирует редкий случай: основа на твёрдый согласный (-т), но суффикс не -ов, а -ав. Это диалектная или архаичная форма притяжательного суффикса, которая встречается в северных и северо-западных говорах (ср. фамилии Молчава, Кричава, а также топонимы типа Ярославль — от притяжательной формы). Таким образом, Яхонтава буквально означает «принадлежащий Яхонту», но построена по местной, нестоличной модели.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу, особенно к Архангельской и Вологодской областям. Там, в среде поморов и крестьян, сохранялись архаичные суффиксы, которые в центральных губерниях вытеснялись стандартным -ов. Носитель фамилии, скорее всего, потомок крестьянина или посадского человека, которому дали прозвище за внешность или характер. Версия о дворянском происхождении маловероятна: в дворянских родах такие диалектные суффиксы почти не встречались.

В написании фамилии часто встречается путаница: многие пишут «Яхонтова», следуя привычной модели. Но исходная форма Яхонтава — прямое указание на регион и эпоху, когда фамилии только закреплялись, и местная речь диктовала свои правила.