Фамилия Яхсибаева — редкий случай, когда географию и этническое происхождение можно определить почти сразу. Она явно восходит к тюркским языкам, скорее всего к кумыкскому или ногайскому, и распространена преимущественно на Северном Кавказе, в первую очередь в Дагестане и Чечне. Основа фамилии — мужское имя Яхсибай, где «яхси» означает «хороший, добрый» (ср. кумыкское «яхшы»), а «бай» — «богач, хозяин, господин». В сумме имя переводится как «добрый богач» или «хороший господин» — типичное для тюркских народов составное имя-пожелание, которое давали мальчикам, чтобы те выросли состоятельными и добрыми.

Женское окончание -а указывает, что перед нами форма женского рода. Это значит, что исходная фамилия — Яхсибаев, а Яхсибаева — вариант для женщин. В русской паспортной системе фамилии у народов Кавказа часто склоняются по общим правилам, поэтому в документах у мужчины будет Яхсибаев, у женщины — Яхсибаева. Если же фамилия зафиксирована именно как Яхсибаева без варианта на -ев, это может говорить о том, что она передалась по женской линии или что носительница — женщина.

Суффикс -ев (а не -ов) — ещё одна подсказка. В тюркских фамилиях, русифицированных через призму русского языка, суффикс -ев часто присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на й. В имени Яхсибай конечный «й» перешёл в «ев», что дало фамилию Яхсибаев. Такая модель словообразования типична для конца XIX — начала XX века, когда горцам массово присваивали русские фамилии по отчеству или имени предка.

Сословно предки Яхсибаевых скорее всего были из крестьян или узденей (свободных общинников), поскольку имя Яхсибай не княжеское и не духовное. Впрочем, «бай» в составе имени могло указывать на зажиточность рода — возможно, предок действительно был уважаемым и состоятельным человеком в своём ауле. Других версий происхождения, например от арабского или персидского корня, у этой фамилии нет: тюркская основа прозрачна и не требует альтернативных трактовок.