Фамилия Яхшибаева — редкий пример тюркского наследия в русском ономастиконе, сохранивший исходное ударение и звучание почти без изменений. Её основа восходит к тюркскому мужскому имени Яхшибай, где «яхши» (в разных диалектах — яхшы, яхши) означает «хороший», «добрый», «славный», а «бай» — «господин», «богач», «хозяин». В сумме имя можно перевести как «добрый господин» или «славный богач». Такие составные имена с компонентом «бай» были распространены у многих тюркских народов: казахов, узбеков, татар, башкир, каракалпаков.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный или й. В данном случае исходное имя Яхшибай дало притяжательную форму Яхшибаев — «чей?» — «сын Яхшибая». Женский вариант Яхшибаева — это форма родительного падежа или, чаще, фамилия жены или дочери, закреплённая в документах. Интересно, что в русской традиции фамилии на -ев обычно не меняют ударение, поэтому оно остаётся на втором слоге: Яхши́баева.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: её носители встречаются в Узбекистане, Таджикистане, среди каракалпаков, а также в южных областях России (Астраханская область, Дагестан). В русских архивных записях XIX века такие фамилии почти не фиксировались, поскольку тюркские народы часто не имели наследственных фамилий до советского паспортного учёта 1930-х годов. Тогда имя отца (Яхшибай) и превратили в официальную фамилию.

Словообразовательная модель проста, но показательна: тюркское имя + русский суффикс -ев. Это не калька и не перевод, а чисто фонетическая адаптация. Встречаются варианты написания с одной «б» — Яхшиаев, но это ошибка переписчика, так как исходное имя чётко содержит «бай». Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Яхшин, Яхшиев, то Яхшибаева стоит особняком, сохраняя полную форму имени.

Сословно предки Яхшибаевых, скорее всего, были из крестьян или ремесленников, но имя «бай» намекает на то, что в роду могли быть зажиточные люди — не обязательно знатные, но уважаемые в своей общине. Точных данных о дворянстве или купечестве нет, и это нормально для фамилии, массово оформленной только в XX веке.