Фамилия Яхиббаева — яркий пример того, как русская письменность закрепила иноязычное имя, адаптировав его по своим грамматическим законам. Её основа — мужское имя Яхиббай, которое распространено у тюркских народов, особенно у башкир и татар. Имя это составное: первая часть «Яхи» восходит к арабскому «йахйа» (живой, имя библейского пророка Иоанна в исламской традиции), а вторая — «бай» (господин, богач, хозяин). В сумме имя можно перевести как «живой господин» или «богатый жизнью». Встречается и более редкий вариант — Яхипбай, где «яхип» может быть диалектным вариантом того же корня.

Русский суффикс -ев присоединился к основе Яхиббай по стандартной модели: от имени отца (Яхиббай) образовывали фамилию для его детей — «чей сын?» — Яхиббаев. Окончание -а указывает на женский род, то есть носительница — женщина. Мужской вариант — Яхиббаев. Двойная буква «б» в корне неслучайна: она отражает тюркское произношение с удвоением (геминацией), которое в русском языке передали на письме. Это отличает фамилию от более простых однокоренных форм вроде Яхибаев, где удвоения нет.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области. В дореволюционной переписи такие фамилии могли записывать не сразу — у башкир и татар долго сохранялась традиция патронимических именований без передачи по наследству. Закрепление фамилий у этих народов в основном завершилось к началу XX века, поэтому Яхиббаева — относительно поздний письменный вариант.

Редкость фамилии объясняется не только специфическим именем, но и тем, что в XX веке часть носителей могла сменить написание на более простое — Яхибаев или Яхипов, потеряв характерное удвоение. Поэтому сегодня Яхиббаева — это скорее маркер сохранности исходного произношения в конкретной семье или записи по документам начала прошлого века.