Фамилия Якимукеров встречается настолько редко, что её происхождение приходится восстанавливать по крупицам, опираясь на законы русской ономастики. В ней отчётливо проступает сложная многоступенчатая структура, редкая для русских фамилий.

В основе лежит каноническое имя Иоаким (древнееврейское «Йоаким» — «поставленный Богом», «Бог воздвигает»). В русской народной среде оно приобрело форму Яким, а также уменьшительно-ласкательные варианты: Якимук, Якимушка. Фамилия Якимукеров образована от прозвища или неканонического имени Якимукер. Суффикс -ер в русских фамилиях нетипичен. Он мог появиться двумя путями. Первый: заимствование через польское или украинское влияние, где -ер встречается чаще (ср. фамилии типа Ковалер). Второй, более вероятный: фамилия могла возникнуть в среде, где русское окончание -ер появилось как результат адаптации тюркского или финно-угорского суффикса, либо как позднее приращение к основе Якимук- в документах. Сама основа Якимук — это типичный уменьшительный вариант имени Яким (как Иванушка от Иван). Таким образом, Якимукер — это человек, которого в быту звали Якимуком, а фамилия закрепилась уже с фамильным суффиксом -ов, означающим принадлежность: «чей?» — Якимукеров, то есть сын или потомок Якимукера.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью, где часто встречаются сложные фамилии с элементами -ер, возникшие на стыке русских, финно-угорских и тюркских традиций. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию при переписях в XVIII-XIX веках. Сословной элиты в такой фамилии не видно: она образована от просторечного имени без указания на профессию или социальный статус. Единственное, что можно сказать с уверенностью: в основе лежит имя, означавшее «Бог воздвигает», а сама фамилия — редкий пример многослойного словообразования, где к уменьшительному имени прирос нестандартный суффикс, а затем обычный русский патронимический суффикс.