Фамилия Якимушкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Якимушкин послужило церковное имя Якимушка. Фамилия Якимушкин происходит от мужского имени Иоаким (в переводе с древнееврейского языка - «поставленный богом»). В русском языке это имя стало звучать как Аким, а в некоторых местностях под воздействием "екающего" или "якающего" говоров – как Еким или Яким. Уменьшительная форма последнего имени, звучавшая как Якимушка, и легла в основу фамилии Якимушкин. Не следует также исключать возможность образования фамилии Якимушкин от прозвища Яким: иногда это имя употреблялось как нарицательное в значении «простак». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якимушка, со временем получил фамилию Якимушкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Якимушкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Якимушкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.