Основой фамилии Якимушкин послужило церковное имя Якимушка. Фамилия Якимушкин происходит от мужского имени Иоаким (в переводе с древнееврейского языка - «поставленный богом»). В русском языке это имя стало звучать как Аким, а в некоторых местностях под воздействием "екающего" или "якающего" говоров – как Еким или Яким. Уменьшительная форма последнего имени, звучавшая как Якимушка, и легла в основу фамилии Якимушкин. Не следует также исключать возможность образования фамилии Якимушкин от прозвища Яким: иногда это имя употреблялось как нарицательное в значении «простак». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якимушка, со временем получил фамилию Якимушкин.