Фамилия Якимин — редкий пример образования от полной формы крестильного имени, а не от его уменьшительного варианта. В основе лежит имя Иоаким (в русской народной традиции — Яким), которое восходит к древнееврейскому Йехояким — «Яхве воздвигнет» или «поставленный Богом». Фамилия буквально означает «потомок Якима».

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Обычно от имён на -а/-я образуются фамилии с суффиксом -ин (Ильин, Никитин, Фомин). Якимин — как раз такой случай: к основе «Яким» добавили суффикс принадлежности -ин, что типично для северных и центральных русских говоров. Интересно, что та же основа могла дать фамилию Якимов (с патронимическим суффиксом -ов, более распространённым в южных регионах). Обе фамилии однокоренные, но Якимин встречается заметно реже.

Географически фамилия тяготеет к Вологодчине и Архангельской области, где в XVI–XVII веках была распространена форма Яким вместо церковного Иоаким. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Якимины в Тотемском уезде. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды черносошных крестьян или посадских людей — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Стоит различать Якимина и фамилию Якименко (украинская, с суффиксом -енко, означающим «сын Якима»), а также Якимчук (западнорусская, с суффиксом -чук). Якимин же — чисто великорусская фамилия, сохранившая архаичную модель именования по отцу без дополнительных суффиксов, указывающих на профессию или место жительства.