Имя Яков (Иаков) переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Основой же при образовании фамилии послужила его просторечная форма — Яковка. Скорее всего, основатель рода Яковкиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яковка, со временем получил фамилию Яковкина.