Фамилия Яковлеева — редкий вариант написания более привычной Яковлевой. Двойное «е» в суффиксе, на первый взгляд, кажется ошибкой или опечаткой, но это не так. В русской ономастике форма на -еев встречается, хотя и нечасто, и говорит о том, что фамилия образована не напрямую от имени Яков, а от производной формы — Яковлей. То есть в основе лежало не каноническое имя, а его обиходный, разговорный вариант, который в некоторых говорах звучал как Яковлей или Яковля.

Модель образования проста: к основе Яковлей- добавился патронимический суффикс -ев, который указывал на принадлежность — «чей?» — «сын Яковлея». Со временем фамилия закрепилась в женском роде как Яковлеева. Если говорить о географии, то такие варианты с утроением гласных чаще фиксировались в северных и центральных губерниях России, где диалектная речь дольше сохраняла архаичные формы имён.

В отличие от массовой Яковлевой, которая восходит к крестильному имени Иаков (в народной форме Яков), фамилия Яковлеева несёт отпечаток конкретной местной традиции именования. Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, у которых в обиходе имя Яков превратилось в Яковлей — так же, как, например, Иван давал Ивашлей или Иванчей. Такие формы подчёркивают, что фамилия не книжная, а живая, народная.

Спорных версий здесь немного. Некоторые исследователи допускают, что -еев могло возникнуть из-за позднейшего переосмысления суффикса -ев в безударной позиции, но это маловероятно: ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог — Яко́влеева, что чётко сохраняет звучание. Правдоподобнее считать, что перед нами редкий, но закономерный вариант, который стоит в одном ряду с фамилиями вроде Григорьев — Григорьевский, но с другим суффиксальным ходом. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобные формы упоминаются как примеры вторичной патронимии, когда от уже существующего прозвища или уменьшительного имени образовывали новую фамилию.