Фамилия Яковышин — один из тех редких случаев, когда на слух её легко спутать с более распространённой Яковлев, а по сути она образована совсем по другой модели. В основе лежит каноническое имя Яков (древнееврейское «идущий по пятам»), но суффикс -ышин указывает на иную, западнорусскую или украинскую, традицию фамилиеобразования.

Дело в том, что фамилии на -ышин (как и на -ихин, -ицын) характерны для территорий, где долгое время бытовала уменьшительная форма имени с суффиксом -ыша. Яковыша — это ласковое или обиходное прозвище человека по имени Яков, примерно как «Яша», но с другим оттенком. Такая форма встречалась в говорах Смоленщины, Брянщины, а также в белорусских и украинских землях. Соответственно, Яковышин — буквально «чей?» — сын Яковыши, то есть потомок человека, которого в быту звали именно так.

В отличие от великорусской модели Яковлев (где суффикс -ев присоединялся прямо к полной форме имени), фамилия Яковышин демонстрирует более сложную словообразовательную цепочку: имя → уменьшительная форма → притяжательное прилагательное. Это сразу выдаёт в ней не московскую или петербургскую, а скорее юго-западную или западную географию происхождения.

По сословной принадлежности ничего определённого сказать нельзя: фамилии на -ышин могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство. Но если судить по тому, что в документах XIX века Яковышины встречаются в основном в Волынской, Гродненской и Минской губерниях, а также среди казачества на Кубани, то наиболее вероятный сценарий — это фамилия выходца из западнорусских земель, который либо остался на месте, либо мигрировал на восток.

В написании фамилии нет вариаций: ударение падает на второй слог (Яковы́шин), и путать её с Яковлевым или Яковенко не стоит — это совсем разные истории, хотя корень один.