Фамилия Якшагулова образована от мужской формы Якшагулов по стандартной русской модели на -ов/-ев, с наращением суффикса -ов к основе, оканчивающейся на согласный. Женский вариант — с окончанием -а. Это типичная патронимическая фамилия, то есть указывающая на отца: Якшагулов сын или дочь Якшагулова.

Основа фамилии — составное тюркское имя или прозвище Якшагул. Первая часть, «якша», восходит к тюркскому корню со значением «хороший», «добрый», «ладный». В татарском, башкирском и других тюркских языках «якшы» (в разных диалектах — «якша») означает «хорошо», «добро». Вторая часть, «гул», — это арабское заимствование, проникшее через исламскую культуру в тюркские имена: «гуль» означает «цветок», «роза». В сложных именах «гул» часто выступает как компонент, придающий имени поэтичность и благопожелательный смысл (ср. Гульнара, Гульшат). Таким образом, Якшагул — это «добрый цветок» или «хорошая роза», имя-комплимент, типичное для мусульманских традиций Поволжья и Приуралья.

Географически фамилия Якшагулова почти наверняка имеет башкирские или татарские корни. Подобные составные антропонимы с компонентом «якшы» широко распространены среди башкир, особенно в зауральских и южных районах. Встречаются также у казанских татар и мишарей, но реже. Фамилия могла возникнуть в среде оседлого крестьянского или полукочевого населения, где имя Якшагул давали ребёнку как пожелание благополучной, «цветущей» жизни.

С точки зрения словообразования интересен суффикс -гул, который не является русским, а вошёл в состав фамилии как часть исходного имени. Русская модель добавила только окончание -ов. В XIX веке при переходе к фамилиям у башкир и татар часто фиксировали имя отца в форме родительного падежа с окончанием -ов, что и дало Якшагулов. Женская форма Якшагулова закрепилась как стандартная при записи в метрических книгах и паспортах.

Встречаются ли фамилии с таким же корнем? Да: Якшаев, Якшин, Якшов — все они восходят к тому же «якша» (хороший). Но Якшагулова стоит особняком за счёт второй части, которая указывает на конкретный антропоним, а не просто на качество. Это редкий случай, когда в фамилии сохранилось полное двухосновное имя, а не усечённая форма.